5. Molekyylimallinnus

Orgaanisten molekyylien kolmiulotteisia rakenteita voi tarkastella molekyylirakennussarjojen ja tietokoneohjelmistojen avulla. Molekyyleistä saa monipuolisen kuvan käyttämällä useita menetelmiä rinnakkain.

Etaani

Ohessa on esimerkkejä siitä, miten muovisilla molekyylisarjoilla mallinnetaan molekyylejä. Molekyylirakennussarjat ovat arvokkaita, joten pidä hyvää huolta atomipalloista ja sidostapeista.




Rakennekaavojen piirtäminen

Molekyylin rakennekaava voidaan havainnollistaa myös piirtämällä rakennekaava. Atomit kuvataan alkuaineiden kemiallisilla merkeillä kirjaimin ja ne yhdistetään toisiinsa sidosviivoilla. Yleisohje yksinkertaiset hiilivedyn piirtämiseen on seuraava:
  1. Piirrä hiiliatomien muodostama runko ja yhdistä ne sidosviivoilla. Atomien lukumäärä selviää yhdisteen nimestä.
  2. Lisää jokaiseen hiiliatomiin niin monta sidosta, että jokaisesta hiilestä lähtee neljä sidosviivaa.
  3. Täydennä rakenne lisäämällä vetyatomit tyhjiin paikkoihin.


Hiiliatomi muodostaa aina neljä kovalenttista sidosta. Sidokset voivat olla yksin-, kaksin- tai kolminkertaisia. Vetyatomi voi muodostaa vain yhden sidoksen, joten siitä lähtee aina vain yksi sidosviiva. Hapesta ja rikistä lähtee kaksi sidosviivaa, typestä kolme. Hapen sidokset voivat olla yksin- tai kaksinkertaisia. Typen sidokset voivat olla yksin-, kaksin- tai kolminkertaisia.