Kun Suonenjoella ei vielä 1900-luvun alussa ollut omaa oppikoulua, lukivat muutamat suonenjokelaiset pojat ylioppilaiksi lähikaupungeissa. Omaa keskikoulua Suonenjoelle alettiin suunnitella jo vuonna 1925. Tällöin hanke kuitenkin kaatui rahan puutteeseen ja luokka-astekiistaan. Ei päästy yksimielisyyteen siitä, olisiko koulu 3- vai 5-luokkainen.
Viiden vuoden kuluttua luokkamuodosta päästiin viimein yhteisymmärrykseen ja kevään perustavassa kokouksessa päädyttiin viisiluokkaiseen yhteiskouluun. Sen omistajaksi tuli yksityinen kannatusyhdistys. Vaikka valtioneuvoston virallinen lupa saatiin vasta marraskuun lopulla, aloitti koulu toimintansa jo 1.9.1930 vuokratiloissa nykyisessä Laineen talossa.
Ensimmäisen lukukauden yhteiskoulun rehtorina toimi Jaakko Turunen. Lisäksi koulussa oli kolme muuta opettajaa. Oppilasmäärä kasvoi pian yli sadan. Turusen jälkeen rehtorina toimi yli 30 vuoden ajan Akseli Markkanen, joka onkin ollut koulun pitkäaikaisin rehtori. Koulutalo lunastettiin omaksi vuonna 1933, ja seuraavana vuonna yhteiskoulu pääsi jatkuvan valtionavun piiriin.

Dramaattisimpia aikoja koulumme historiassa olivat varmasti talvi- ja jatkosota. Silloin koulunkäynti muuttui epäsäännölliseksi, ja talo oli ajoittain siirtolaisten käytössä. Viidesluokkalaisille ryhdyttiinkin opettamaan väestösuojeluoppia, jonka nimi sitten jatkosodan aikana muuttui maanpuolustusopiksi. Se sisälsi paitsi aatteellista opetusta myös käytännön maanpuolustustaitoja.

Ennen uskottiin, että oppilaat olivat joko kielellisesti tai matemaattisesti lahjakkaita. Lukiossa olikin valittavissa toinen näistä kahdesta linjasta. Opinnot koostuivat pääosin pakollisista aineista, mutta lisäksi pystyi myös suorittamaan joitakin vapaaehtoisia aineita.
Tilan ahtaus Laineen tiloissa oli suunnaton. Niinpä nykyisen lukion rakennustyö alkoi maaliskuussa 1949. Sitä edelsi raju varojenkeruu-urakka: pidettiin ompeluseuroja ja oppilaiden maksullisia iltamia, myytiin vappukukkia ja omaa rintamerkkiä, jopa tontin ruokamultakin joutui myyntiin! Merkittävimpiä apuja olivat kuitenkin johtokunnan lainat, kunnan takaukset ja valtionapu. Talo vihittiin käyttöön toukokuun lopulla 1950 ja koulu uudessa rakennuksessa alkoi seuraavana syksynä.
Uudetkin tilat osoittautuivat pian liian ahtaiksi, joten vuonna 1956 otettiin käyttöön vastavalmistunut lisäsiipi. Samana vuonna koulu siirtyi valtion omistukseen kaikkine varoineen ja velkoineen. Samanaikaisesti yhteiskoulun kannatusyhdistys lopetettiin ja koulun nimi muutettiin Suonenjoen yhteislyseoksi.
Kieli- ja matemaattisen linjan rinnalle tuli myös reaalilinja 60-luvun lopulla. Kun vuonna 1975 siirryttiin peruskoulujärjestelmään, poistettiin linjat lukion lukusuunnitelmasta kokonaan ja siirryttiin kymmenen päivän jaksoihin. Muutaman vuoden kuluttua oppiaineet ryhmiteltiin jaksoittain luettaviksi kursseiksi. 80-luvun puolivälissä oppiaineet jaettiin yhteisiin ja valinnaisiin, ja v.1995 siirryttiin luokattomaan lukioon ja kurssit jaettiin pakollisiin, syventäviin ja soveltaviin, joita tulee suorittaa vähintään 75 lukion aikana. Viimeisin opetussuunnitelma otettiin käyttöön v. 2005.
Peruskoulujärjestelmään siirryttäessä tuli koulun omistajaksi Suonenjoen kaupunki. Samassa rakennuksessa toimivat paitsi lukio ja yläaste myös kansalais- ja musiikkiopisto. Myöhemmin yläaste siirtyi omiin tiloihinsa radan toiselle puolelle ja edelleen entisiin ammattikoulun tiloihin Lintharjulle. Lukiorakennuksessa toteutettiin vuosia kestänyt peruskorjaus 80-luvulla. 2000-luvulla sekä lukion vesijohto- ja viemäriputkisto sekä katto on uusittu osittain, mutta myös ilmastointilaitteet kaipaisisivat remonttia. 
Vuoden 2011 joulukuusta lukio on toiminut saneeratuissa tiloissa yläkoulun päädyssä. Tällä hetkellä Suonenjoen lukio on vahva yleislukio, jossa osallistutaan kansainvälisiin hankkeisiin ja tehdään yhteistyötä ympäristön lukioiden ja korkeakoulujen kanssa. Opiskeljoilla myös on mahdollisuus urheiluvalmennukseen, erilaisiin teemakursseihin ja taiteiden välisiin kursseihin.