Microbittiä voi ohjelmoida joko graafisilla ohjelmapalikoilla tai oikeilla ohjelmointikielillä Pythonilla tai JavaScriptillä. Kaikkia kolmea edellä mainittua ohjelmointivaihtoehtoa voi ohjelmoida www-selaimessa MakeCode editorilla osoitteessa microbit.org/fi/code/. MakeCode editorista on myös työpöytäsovellus, jonka voi ladata Microsoft Storesta. Microbittiä voi ohjelmoida myös lataamalla Mu editorin ja siinä ohjelmoida Pythonilla.

Ohje microbitin graafisten ohjelmapalikoiden käyttämiseeen on www-sivulla makecode.microbit.org/reference

MakeCode-editorin ohjelmointi-ikkunan yläreunassa on tekstit "Lohkot" (oletus) ja "JavaScript". JavaScriptiä klikkaamalla näet palikkaohjelmasi ohjelmakoodin.