Reformoidussa ja anglikaanisessa kirkossa on omat hallintojärjestelmät ja monen laisia virkoja, mitkä ohjaavat kirkon toimintaa. Reformoiduissa kirkoissa on presbyteerinen hallintojärjestelmä, mikä tarkoittaa sitä, että seurakuntien vanhemmisto eli presbyteerit ovat vastuussa kaikista päätöksenteoista.

Anglikaanisessa kirkossa on episkopaalinen hallintojärjestelmä, joka tarkoittaa että, piispat ja arkipiispat johtavat kirkkoa, anglikaanisen kirkon hallintojärjestelmää on pidetty liian vanhanaikaisena.