Opetus musiikkiopistossa on pääsääntöisesti yksilöopetusta. Ryhmäopetusta annetaan kamarimusiikissa, orkesterissa, musiikin perusteissa ja musiikkileikkikoulussa. Perusasteella ja opistoasteella opiskeluun kuuluu olennaisena osana oppilaskonsertit sekä muut esiintymiset. 

Jämsänjokilaakson musiikkiopiston opetussuunnitelma perustuu opetushallituksen antamiin opetussuunnitelmaperusteisiin.