Apteekkimuseo.fi kertoo suomalaisista apteekeista aikakaudella, jolloin lääkkeet valmistettiin pääasiassa apteekeissa. Museo on koostettu vanhoista apteekkiesineistä ja -tavaroista otetuista valokuvista sekä apteekki-interiöörejä esittävistä vanhoista valokuvista. Kuva-aineistoon liittyy aikakauden apteekkihistoriasta ja farmasian historiasta kertovia kirjallisia osuuksia.

Apteekkimuseo.fi kuvaa aikaa suunnilleen 1800-luvun puolivälistä 1900-luvun puoliväliin. Museon teksteissä käytetyillä termeillä 'vanhanajan apteekit' tai 'vanhat apteekit' viitataan tämän aikakauden apteekkeihin.