Isnäsin koulujen oppilaat muodostavat yhdessä oppilaskunnan. Oppilaskunnan hallitus muodostuu siihen valituista 2.-6.-luokan oppilaista. Tehtävänä on kehittää luokkien ja koulujen yhteistoimintaa ja tukea oppilaiden mahdollisuutta osallistua yhteisiä asioita koskevaan keskusteluun ja päätöksentekoon. Isnäsin koulujen oppilaskunnan hallitus kokoontuu säännöllisesti joka torstai.

Hallituksen toiminnasta vastaavana opettajana toimii Tove Heinonen.