Suomalaisten talonpoikien mitta tuli täyteen ja he juonivat keinoja, joilla he vapautuivat linnaleirien rasituksista. Jaakko Ilkka oli johtaja, jonka johdolla talonpojat hyökkäsivat linnaleireissä majailleita sotilaita vastaan. Talonpojat olivat heikosti varustautuneita. Heillä oli vain työkaluja mukanaan esim. seipäitä, kuokkia, kirveitä ja nuijia. Alku näytti talonpojille lupaavalta, mutta Klaus Fleming kokosi kokeneen, koulutetun ja hyvin varustetun armeijaansa sotimaan ja lopulta Klaus Flemingin joukkot voittivat.
Yhteensä nuijasodassa menehtyi noin 3 000 talonpoikaa, Klaus Flemingin armeijasta vain joitain kymmeniä miehiä. Kapinaa kutsutaan talonpoikien varustuksen perusteella nuijasodaksi. Nuijasodan jälkeen verot rasittivat vielläkin talonpoikia ja sotilaat pysyivät linnaleireissä.