Ohutkerroskromatografialla pienet ainemäärät erotetaan toisistaan. Tutkittava aine laitetaan ohutkerroskromatografialevylle, joka asetetaan ajoastiaan. Ajoastiassa on liuotinta, joka nousee kapillaarivoimien avulla kromatografialevyä ylöspäin ja samalla tutkittavan näytteen eri aineet erottuvat levylle.