Pieksämäen maaseurakunnan kirkko on tiettävästi toinen tai kolmas kirkko samalla paikalla. Ensimmäinen kirkko tälle paikalle rakennettiin jo 1570-luvulla. Nykyinen kirkko rakennettiin rakennusmestari August Sorsan johdolla vuonna 1752. Kirkon vieressä oleva kellotapuli valmistui vuonna 1746. Pieksämäen kirkko on tiettävästi varhaisin kapenevasakarainen ristikirkko Suomessa. Kirkon ulkoasu sai nykyisen muotonsa myöhemmin suoritettujen korjaus- ja uudistustöiden myötä. 1800-luvun muutossuunnitelmista vastasivat lääninarkkitehdit Kiseleff ja John Lybeck. 1900-luvun suunnitelmien takana olivat puolestaan arkkitehdit Antero Pernaja ja Heikki Elomaa. Viimeisin peruskorjaus kirkossa on suoritettu vuosina 2001–2002. Korjauksen yhteydessä myös kirkon arvokkaat maalaukset konservoitiin