Lämpötilalla on vaikutusta mikrobien kasvulle. Osan mikrobien kasvu pysähtyy alle +4 asteessa, mutta osa toimii kylmemmissäkin lämpötiloissa.

Jäähdyttäminen pysäyttää toksiinien tuotannon ja pakastaminen pysäyttää kaikkien pieneliöiden toiminnan, mutta se ei tuhoa mikrobeja. Vaarallinen lämpötila-alue on 6-60 astetta, koska helposti pilaantuvia elintarvikkeita ei saa säilyttää pitkään lämpimässä toksiinien kehittymisen takia.

Bakteerien itiöt tuhoutuvat vasta 120 asteen lämpötilassa steriloinnilla. Sterilointia käytetään täyssäilykkeissä, kuten hedelmät, kalat ja erilaiset ruoat esim. hernekeitto. Homeiden ja hiivojen itiöt tuhoutuvat alemmassa lämpötilassa.