Kustaa Vaasa nimitti poikansa Juhanan Suomen herttuaksi vuonna 1556 joka hän oli vuodelle 1563 asti. Juhana nimitettiin herttuaksi, kun hän vieraili isänsä, Kustaa Vaasan kanssa yhdessä Turussa. Juhana III asui Turun linnassa 1556-1561 jalkavaimonsa Kaarina Hannuntyttären kanssa. Sen jälkeen hän avioitui Katariina Jagellonican, Puolan prinsessan kanssa, jonka hän vei linnaan jouluna vuonna 1562 ja he asuivat linnassa vuoteen 1563 asti. Linnassa vallitsi renessanssihovi ja linnaan tuli Katarinan mukana vaikutteita erityisesti renessanssiajan Puolasta ja Italiasta. Renesanssihovin aikana linnaan tehtiin paljon muutoksia mm. uudet salit, päälinna muuttui renessanssipalatsiksi ja siellä pidettiin paljon juhlia. Linnassa työskenteli 600 ihmistä ja suurin osa heistä oli naisia. Turun linnan käskynhallitsijaksi nimitettiin 1580 Julius Gyllenhiem joka oli Juhanan ja hänen entisen rakastajattarensa Kaarina Hannuntyttären poika.