Innostuminen on pääasia!

Edumolin 2D-työkalujen päivitys

Johannes Pernaa 13.6.2019

Edumol-ohjelmiston 2D-työkalut saatiin viimeinkin päivitettyä. 4.6.2019 päivityksen (V1.6) myötä 2D-työkalut latautuvat täydellisesti. Päivitys toteutettiin Alfred Kordelinin säätiön Gust. Kompan rahaston avulla. Ohjelmoinnin toteutti Heikki Alanen, joka on ollut mukana kehittämässä Edumolin 1.0 versiota vuonna 2014.

Kiitokset Heikille ja Gustaf Kompan rahastolle.

gust-kompan-rahasto.jpg


Ongelman tausta

Ehdin tehdä Edumoliin (edumol.fi) päivityksiä noin kerran vuodessa. Ohjelmisto on käytössä syksyn maisterikurssilla Kemian mallintaminen ja visualisointi, joten syksyisin ohjelmiston tulisi aina olla iskussa. Koulut käyttävät sitä toki päivittäin.

2019-jsme-bug.jpgKeväällä 2017 huomasin, että uusimman JSmol-kirjaston päivityksen myötä, JSmolin ja JSME:n välinen yhteys oli särkynyt. Siirrettäessä rakennetietoa 3D-työtilasta 2D-työtilaan, 2D-työtila ei latautunut täydellisesti. Ongelman pystyi ohittamaan, jos osasi klikata työtilan näkyvää osaa. Käyttäjältä tätä ei tosin voinut vaatia, sillä käyttöliittymän tulisi aina toimia.

Pyrin ensin ratkaisemaan ongelman raportoimalla bugin Jmol-kehittäjäyhteisöön (viesti 19.4.2019). Yhteisö kuitenkin ohitti kehittämistoiveeni, sillä JSME-integraation tärkeys Jmol/JSmol-projektissa on suurelle osalle käyttäjistä minimaalinen. Tällä hetkellä yhteisön fokus vaikuttaa olevan Jmolin molekyylivisualisointien kehittäminen, mikä on loogista. Valmiin datan visualisoiminen on Jmolin päätarkoitus.

Ulkoinen asiantuntija

Selvitin ensin, että voinko ratkaista tämän itse, mutta huomasin etteivät ohjelmointitaitoni riitä. Päätin hakea Gustaf. Kompan rahastolta apurahaa pätevämmän ohjelmoijan palkkaamiseen.

Sain päivityksen toteuttamiseen 2200 € apurahan, jolla voi ostaa noin 30 tuntia ohjelmointityötä. Heikki Alanen, joka oli mukana rakentamassa Edumolin 1. versiota vuonna 2014, otti haasteen vastaan. Heikki opiskeli kemiallisen rakennedatan siirtämisen ohjelmistojen välillä projektin alkuvaiheessa, mikä helpotti ratkaisun suunnittelua huomattavasti.

Työhön meni lopulta 32 tuntia:
  • ongelman tunnistaminen (3 h)
  • ratkaisujen suunnittelu (6 h)
  • ohjelmointi (16 h)
  • testaaminen eri selaimilla ja päätelaitteilla (4 h)
  • päivitys serverille ja raportointi (3 h).

Ratkaisu

Ratkaisua haettiin seuraavista mahdollisuuksista:
  1. Tutkitaan, voiko JSME:n vaihtaa johonkin toiseen 2D-editoriin.
  2. Analysoidaan, mikä JSME-integraatiossa on rikki ja korjataan se.
Ratkaisuehdotus 1. kiinnosti minua, sillä esim. ChemDoodleWeb-työkalujen 2D-editoria päivitetään jatkuvasti ja Sketcher-kirjaston käytettävyys on saanut kiitosta opettajilta osana MolView-projektia. Kirjaston vaihtaminen osoittautui kuitenkin liian suureksi ja virhealttiiksi työksi. Myös Sketcherin viimeisin versio alkaa olla jo melko vanha ja uutta päivitystä ei ole saatu tuotettua, mikä laski luottamusta Sketcherin toimintavarmuutta kohtaan.

Päädyimme lopulta ratkaisuehdotukseen 2. JSME-integraation korjattiin lisäämällä vaihtoon metodi, joka päivittää JSME-appletin koko 3D > 2D vaihdon yhteydessä. Toiminnallisuus varmistaa 2D-työtilan oikean koon käyttäjälle.


Kommentit

Kirjaudu sisään lisätäksesi tähän kommentti