Kaikki Jyväskylän Lyseon lukion opiskelijat muodostavat opiskelijakunnan, itsenäisen toimijan, jonka äänitorvena toimii sen yhteisesti valitsema hallitus. Opiskelijakunnan tehtävänä on kehittää kouluyhteisön toimintaa ja vaikuttaa opiskelijoita koskeviin kysymyksiin. Opiskelijakunnalla on merkittävä rooli kouluyhteisön yhteishengen luomisessa. Opiskelijakunnan hallituksen jäsenet ottavat osaa lukion toiminnan suunnitteluun erilaisissa kehittämisryhmissä yhdessä opettajien kanssa.