https://peda.net/id/f8b7854e5e6 2022-03-05T10:49:18+02:00 https://peda.net/:static/535/peda.net.logo.bg.svg <div class="license">Tämän sivun lisenssi <a rel="license" href="https://peda.net/info">Peda.net-yleislisenssi</a></div> https://peda.net/id/f8b7ffb15e6 2022-03-05T10:51:02+02:00 Uusimmissa MarvinSketch-versioissa ei ole mukana MarvinSpace-lisäosaa (ei myöskää Abitin tuoreimmassa versioissa). Jos ja kun on tarve saada hyödynnettyä MarvinSpace-ohjelman ominaisuuksia (sidospituuksia, sidoskulmia), tässä on olemassa kaksi vaihtoehtoa:<br/> <br/> <h3>1. MarvinSpace erillisenä ohjelman</h3> <br/> MarvinSpace-lisäosan <b>asentaminen erillisenä ohjelmana</b>. <a href="https://chemaxon.com/download?dl=%2Fdata%2Fdownload%2Fmarvinspace%2Flatest&amp;fbclid=IwAR0SJrCkhIKy_Xo9Q3Lx9ELikj_xV0pdIo5GKM9Axn5axRh5ghKiCij52r0" rel="nofollow ugc noopener">Linkki</a> (MarvinSpace 17.2.27.0) <br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/m3eeouml/marvinspace3d-arkisto.png#top" title="MarvinSpace3D_arkisto.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/m3eeouml/marvinspace3d-arkisto.png:file/photo/3019e66854d4a7d11c7df54cde3d07e26f46cf14/MarvinSpace3D_arkisto.png" alt="" title="MarvinSpace3D_arkisto.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> <table border="1"> <tbody> <tr> <td>Käyttämällä ko. ohjelmaa, on mahdollista avata sen sisältä MarvinSketch (em. versio)</td> <td><span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/m3eeouml/marvinspace17-png#top" title="MarvinSpace17.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/m3eeouml/marvinspace17-png:file/photo/37dcb24a9a1cc24afc5da7d8bd11ce0fcd6a2edb/MarvinSpace17.png" alt="" title="MarvinSpace17.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> </tr> <tr> <td> </td> <td> </td> </tr> </tbody> </table> <h3>2. Aiemman MarvinSketch-version asentaminen</h3> <br/> Toinen vaihtoehto on sellaisen MarvinSketch-version asentaminen, jossa on mukana MarvinSpace. 2021-12-16T14:44:55+02:00 https://peda.net/id/f8bcdc405e6 2019-04-07T12:49:40+03:00 <p><strong>MarvinSpace</strong> on MarvinSketch-ohjelma apuohjelma (Java-pohjainen). Sillä voidaan tuottaa MarvinSketch-ohjelmalla <strong>piirretyistä molekyyleistä 3D-malleja</strong>. Toiminto on mahdollista asentaa myös ikoniksi, mutta prosessi on monimutkainen (kirjassa tämä on ohjeistettu opettajia varten). Käytännössä on hyödyllistä opetella <strong>näppäinkomento: ctrl+shift+M</strong>.</p> <p>MarvinSpace kääntää 3D-malliin kaikki pöydälle olevat molekyylit. Kannattaa hakea mielekäs asetelma, jos halutaan verrata eri molekyylejä 3D-ympäristössä. Siirtäminen ja erikseen pyörittäminen ei onnistu MarvinSpace-ympäristössä eli uuden asetelman rakentaminen on helppoa tehdä palaamalla 2D-ympäristöstään ja järjestää molekyylit siellä.</p> 2021-12-16T14:44:55+02:00 https://peda.net/id/f8bdec7c5e6 2019-04-07T12:24:40+03:00 <span><span>MarvinSpace kääntää 3D-malliin kaikki pöydälle olevat molekyylit. Kannattaa hakea mielekäs asetelma, jos halutaan verrata eri molekyylejä 3D-ympäristössä. Siirtäminen ja erikseen pyörittäminen ei onnistu MarvinSpace-ympäristössä eli uuden asetelman rakentaminen on helppoa tehdä palaamalla 2D-ympäristöstään ja järjestää molekyylit siellä.<br/> <br/> </span></span> <table> <tbody> <tr> <td> <p>Jos siirryttyä 3D-malliin vedyt eivät näy, vaakavalikosta haetaan kohta (vaalean vihreä pallo ja pieni harmaa pallo), jolla ne saadaan näkyviin.</p> <span>Jos valikko ei tule näkyviin. se on jäänyt mustan alueen taakse. Tällöin sulje ikkuna ja avaa uudelleen MarvinSpace, vältä mustan alueen klikkaamista.</span></td> <td><span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/pl/m1#top" title="MarvinSpace_Vedytnakyviin.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/pl/m1:file/photo/e07245ea548bc7b57b0523d573db088b4e48da2f/MarvinSpace_Vedytnakyviin.png" alt="" title="MarvinSpace_Vedytnakyviin.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> </tr> <tr> <td><span>MarvinSpace -ohjelmassa voi pyörittää molekyylejä. Animation-valinta mahdollistaa myös automaattisen rotaation (Auto Rotation).</span></td> <td><span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/pl/m2e#top" title="MSpace_Animation.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/pl/m2e:file/photo/4670d3250ac9062cfb8c507c177718a6f268e803/MSpace_Animation.png" alt="" title="MSpace_Animation.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> </tr> </tbody> </table> <span><span><br/> Seuraavassa muutamia esimerkkejä ja MarvinSpace-ohjelman mahdollistamat lisätoiminnot (<strong>sidoskulmat, sidospituudet ja elektronitiheyskuvat</strong>).<br/> <br/> </span></span> <table> <tbody> <tr> <td> <p><strong>Sidoskulman</strong> saa näkyviin valitsemalla toisen painikkeen (toinen vasemmalta) ja klikkaamalla kolme vierekkäistä atomia.</p> <p>Sidoskulmat ovat laskennallisia, eivät todellisia. Sidoskulmiin vaikuttaa sidoksen atomien muu ympäristö, sen vuoksi sidoskulmat eivät noudata esim. VSEPR-teorian mukaisia sidoskulmia.<br/> <br/> </p> </td> <td><span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/pl/m70#top" title="MarvinSpace_sidoskulma1.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/pl/m70:file/photo/d5f7306574177bfcf4689906878a5534c2be4ffa/MarvinSpace_sidoskulma1.png" alt="" title="MarvinSpace_sidoskulma1.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> </tr> <tr> <td>Vastaavasti <strong>sidospituuden</strong> saadaan ensimmäisestä painikkeesta. Sidospituuden on merkitty vanhalla yksiköllä eli Ångströmillä (10⁻¹⁰ m eli 0,1 nm eli 100 pm). Yksikkö on nimetty ruotsalaisen fyysikon Anders Jonas Ångströmin mukaan</td> <td><span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/pl/m8#top" title="MSpace_Sidospituudet.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/pl/m8:file/photo/e69c864c7605467079327ba101fbe37b6ab6a064/MSpace_Sidospituudet.png" alt="" title="MSpace_Sidospituudet.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> </tr> </tbody> </table> <span><span><br/> </span></span> 2021-12-16T14:44:55+02:00 https://peda.net/id/f8c26f6f5e6 2019-04-07T12:47:14+03:00 <br/> <table> <tbody> <tr> <td> <p>MarvinSpace-ohjelmassa voidaan näyttää molekyylien poolisuus, tässä eletkronitiheyskuvia, tämän ohjeen mukaan. Tässä on kolme vaihetta:<br/> <br/> 1. Tuotetaan elektronipilvi (ilmestyy harmaana massana molekyylin ympärille). Aloitetaan valitsemalla Show | Surface | van der Waals.<br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/marvinspace_1b-png#top" title="MarvinSpace_1b.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/marvinspace_1b-png:file/photo/828c513e38394eda66fe7f3fe9fb3ddb5c0e8855/MarvinSpace_1b.png" alt="" title="MarvinSpace_1b.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></p> </td> <td><span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/m#top" title="MarvinSpace_Show_vanderWaals.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/m:file/photo/b739db3831e8de36a3b09619709918c18a28ce0f/MarvinSpace_Show_vanderWaals.png" alt="" title="MarvinSpace_Show_vanderWaals.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> </tr> <tr> <td>2. Määritellään em. elektronipilvi läpinäkyväksi. Molekyylin runkorakenne tulee näkyviin. <br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/marvinspace_2b-png#top" title="MarvinSpace_2b.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/marvinspace_2b-png:file/photo/c5e4204ff709332c1d9d587cf54064f6299ac92a/MarvinSpace_2b.png" alt="" title="MarvinSpace_2b.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> <td><span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/m2#top" title="MarvinSpace_DisplatDrawtype.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/m2:file/photo/4b68e79f92be887f227ba3ab6989959c8ef303f8/MarvinSpace_DisplatDrawtype.png" alt="" title="MarvinSpace_DisplatDrawtype.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> </tr> <tr> <td>3. Väritetään poolisuus erot ”elektrostaattisten potentiaalien” eron perusteella.<br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/marvinspace_7-png#top" title="MarvinSpace_7.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/marvinspace_7-png:file/photo/768545e0c651af43bfe93f6241ca2ad3c20ede85/MarvinSpace_7.png" alt="" title="MarvinSpace_7.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></td> <td><a href="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/me#top" title="MarvinSpace_DisplayColortype.png"><img src="https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/9-marvinspace-3d/fermium-version-ja-sita-vanhempien-versioiden-marvinspace/eepvp/me:file/photo/44f342d2924d4041ca37a686d8d59ec76bd8fdb5/MarvinSpace_DisplayColortype.png" alt="" title="MarvinSpace_DisplayColortype.png" class="inline" loading="lazy"/></a></td> </tr> </tbody> </table> 2021-12-16T14:44:55+02:00