https://peda.net/id/bf4cbf12511 2022-10-21T12:00:01+03:00 https://peda.net/:static/543/peda.net.logo.bg.svg <div class="license">Tämän sivun lisenssi <a rel="license noopener" href="https://peda.net/info" target="_blank">Peda.net-yleislisenssi</a></div> https://peda.net/id/afc64038536 2022-10-24T11:17:33+03:00 <b>Miksi IPN tauti on tärkeä?</b><br/> IPN <span class="markedContent"><span dir="ltr">(Infectious pancreatic necrosis) </span></span>taudin aiheuttaa<span class="markedContent"><span dir="ltr"> virus. Viruksesta on useita genoryhmiä, Suomessa tavattu genoryhmää 2 ja 5. <br/> <br/> IPN genoryhmää 2 todettu merellä ja sisämaassa --&gt; ei vastustettava tauti. Genoryhmän 2 IPN on todettu aiheuttavan pienpoikaskuolleisuutta ja heikentynyttä kasvua --&gt; taloudellisesti tärkeä. Suomessa ei ole käytössä olevaa rokotetta virusta vastaan. IPN on &quot;kestävä virus&quot;.<br/> <br/> IPN genoryhmää 5 on todettu Suomessa merellä. Kyseessä on Suomen sisävesialueilla lakisääteisesti vastustettava,<br/> valvottaviin eläintauteihin kuuluva tauti.<br/> <br/> <b>IPN genoryhmä 2</b><br/> Miten pystytään kehittämään vastustuskykyisempi kirjolohikanta?<br/> <br/> Luonnonvarakeskuksella on JALO-valintaohjelma, joka on kansallinen valintajalostusohjelma:<br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-10-48-48-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 10-48-48 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-10-48-48-powerpoint-presentation-an:file/photo/172e194b84aeef7fe9611011b1f0c3fc6f3c8b35/Screenshot%202022-10-24%20at%2010-48-48%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 10-48-48 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> </span></span><br/> <b>Mitä genominen valinta on?</b><br/> <span class="markedContent"><span dir="ltr">Genominen</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">valinta on y</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">ksilön</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">perinnöllinen</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">potentiaali</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">periyttää </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">hyviä</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">ominaisuuksia</span></span><span class="markedContent">. Tämä <span dir="ltr">ennustetaan</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">yksilön</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">dna</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">-</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">profiilista</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">,</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">käyttäen kymmeniä tuhansia</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">dna</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">-</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">merkkejä --&gt; tuotanto-ominaisuudet määräytyvät tuhansien geenien toimesta.<br/> </span></span><br/> Vaihe 1 - Taudinkuvan ja DNA-profiilin yhteys:<br/> <br/> <span class="small"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-10-50-17-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 10-50-17 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-10-50-17-powerpoint-presentation-an:file/photo/bd8393064ab1eafe12723b2fc4003af267d75512/Screenshot%202022-10-24%20at%2010-50-17%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 10-50-17 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> Vaihe 2 - Valinta emokalastossa, jossa ei ole tautia:<span class="editor underline"><br/> </span><br/> <span class="small"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-10-57-17-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 10-57-17 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-10-57-17-powerpoint-presentation-an:file/photo/8948c231d738779257188c9268d0173da0c04491/Screenshot%202022-10-24%20at%2010-57-17%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 10-57-17 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> <b><span class="markedContent"><span dir="ltr">Genomisen</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">valinnan</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">käyttöönotto</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">eläinjalostuksessa</span></span></b><br/> Genominen valinta on ollut rutiinikäytössä eri eläimillä alkaen vuodesta 2009:<br/> <br/> <ul> <li>Nauta: 2009</li> <li>Possut: 2011 (Topigs)</li> <li>Kana: 2012 (Aviagen)</li> <li>Lohi: 2016 (Saltas, Aquagen), 2017 (Mowi)</li> </ul> <br/> Suomessa valintajalostus on Luonnonvarakeskuksen avaintekemistä, mukaanlukien kirjolohi. <br/> <br/> <b><span class="markedContent"><span dir="ltr">IPN2 altistuskoe JALO</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">-</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">kirjolohi perheille<br/> </span></span></b> <ul> <li><span class="markedContent"><span dir="ltr">20 isää and 19 emää (29 perhettä) Enonkoskella, </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">vastakuoriutuneet poikaset postissa Norjaan</span></span></li> <li><span class="markedContent"><span dir="ltr">Kylvetys-altistus Norjassa, VesoVikan</span></span></li> <li><span class="markedContent"><span dir="ltr">9 altistustankkia, 120 kalaa per tankki</span></span><b></b><br/> <b></b></li> </ul> <br/> --&gt; 22% kuolleisuus<br/> --&gt; genotyyppaus 51 000 dna-merkkiä<br/> <br/> <b>Dna-merkit JALO-kirjolohen genomissa<br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-04-56-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-04-56 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-04-56-powerpoint-presentation-an:file/photo/a1b9ffb932994d515de371bff552550a74b07dae/Screenshot%202022-10-24%20at%2011-04-56%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-04-56 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></b><br/> <b><span class="markedContent"><span dir="ltr">Geneettinen vaihtelu kalojen vastustuskyvyssä</span></span></b><br/> <span class="markedContent"><span dir="ltr">On paljon geneettistä vaihtelua, </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">jota dna</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">-</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">merkit selittää (isot tai</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">pienet vaikutukset). </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">Genominen analyysi:</span></span><span class="markedContent"><br/> <span dir="ltr">Enemmän geneettistä vaihtelua </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">(hyvä asia valinnalle) --&gt; Genominen valinta mahdollista.<br/> <br/> <br/> <span class="small"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-06-41-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-06-41 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-06-41-powerpoint-presentation-an:file/photo/b7616e86c5dc2e84b4d4f4819fbffda052ec9b69/Screenshot%202022-10-24%20at%2011-06-41%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-06-41 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> <b>Geenikartoitus, kalan vastustuskyky: IPN2seen vaikuttavat alueet</b><br/> </span></span><br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-08-45-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-08-45 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-08-45-powerpoint-presentation-an:file/photo/c925ceb7fe5af5d4a0cb0fd4c2f29ddf6ef225fa/Screenshot%202022-10-24%20at%2011-08-45%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-08-45 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> <b>Validointi</b><br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-09-55-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-09-55 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-09-55-powerpoint-presentation-an:file/photo/b9521ae13da6483081ecb6ce4b8db5bcb4b3b7a5/Screenshot%202022-10-24%20at%2011-09-55%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-09-55 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> <br/> <br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-10-43-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-10-43 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-10-43-powerpoint-presentation-an:file/photo/07234047470e7afb23aa90a566821fac4e3ac062/Screenshot%202022-10-24%20at%2011-10-43%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-10-43 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> <br/> <br/> <span class="medium"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-11-56-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-11-56 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-11-56-powerpoint-presentation-an:file/photo/b293a21f96dbb293ad651690a613e52a831abd4c/Screenshot%202022-10-24%20at%2011-11-56%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-11-56 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span><br/> <br/> <br/> <b>Validoinnin tulos</b><br/> <span class="markedContent"><span dir="ltr">Genominen valinta (pelkkä dna</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">- </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">profiili) tuottaa varsin tarkan </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">ennusteen</span></span><span class="markedContent">. <span dir="ltr">Vaatii genomisen arvostelun ja</span></span><span class="markedContent"><br/> <span dir="ltr">ison (sukupuu) datan taakseen </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">samasta populaatiosta.<br/> <br/> <br/> <span class="small"><a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-13-31-powerpoint-presentation-an#top" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-13-31 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" target="_blank" rel="noopener"><img src="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/screenshot-2022-10-24-at-11-13-31-powerpoint-presentation-an:file/photo/10cd75c6f286038dc2ba24548284fc7ac215620a/Screenshot%202022-10-24%20at%2011-13-31%20PowerPoint%20Presentation%20-%20Antti-Kause.pdf.png" alt="" title="Screenshot 2022-10-24 at 11-13-31 PowerPoint Presentation - Antti-Kause.pdf.png" class="inline" loading="lazy"/></a></span></span></span><br/> <br/> <b>Johtopäätökset<br/> </b><span class="markedContent"><span dir="ltr">Genominen valinta on tehokasta poikasajan taudille. </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">Ensimmäinen demo genomisen valinnan potentiaalista</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">JALOssa.</span></span><br/> <span class="markedContent"><span dir="ltr">Genominen valinta käytännössä: Single-step genomic evaluation, Luken MiX99 ohjelmisto</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">.</span></span><br/> Yhdistetätään kaikki tieto yhteen malliin:<br/> <ul> <li><span class="markedContent"><span dir="ltr">id</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">-</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">merkityt ei</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">-</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">genotyypitetyt</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">yksilöt: Sukupuu kuten ennenkin</span></span></li> <li><span class="markedContent"><span dir="ltr">Genotyypitetyt</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">yksilöt: Kaikki dna</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">-</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">merkkidata käyttöön</span></span></li> <li><span class="markedContent"><span dir="ltr">Genotyypitetyt</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">yksilöt: QTL voidaan mallintaa erikseen </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">--</span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">&gt; Genominen jalostusarvo, jolla valitaan parhaat</span></span><span class="markedContent"> <span dir="ltr">emot</span></span></li> </ul> <br/> <span class="markedContent"><span dir="ltr">Uusia ominaisuuksia tarvitaan valintaohjelmaan ja yhä tarkempaa </span></span><span class="markedContent"><span dir="ltr">valintaa.</span></span><br/> <br/> <br/> Lähde ja lisää aiheesta:<br/> <a href="https://peda.net/hankkeet/vesiviljely/valintajalostus/kalojen-valintajalostus/uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-tautiresistens/johdanto/antti-kause-uusi-valintatyokalu-genominen-valinta-kalojen-ta#top" class="service" target="_blank" rel="noopener">Antti-Kause_Uusi valintatyökalu_Genominen valinta kalojen tautiresistenssin parantamiseen.pdf</a> 2022-10-24T09:32:52+03:00